Dungeons&Dragons 3 ศึกพ่อมดฝูงมังกรบิน 3 ดินแดนลึกลับที่เรียกขานว่าอิซเมอร์ ปกครองโดยพวกเมจผู้มีอิทธิฤทธิ์และเวทย์มนต์ แต่แล้ว Proofing หนึ่งในพวกเมจหวังขึ้นครองอาณาจักรและโค่น อำนาจของซาวิน่าราชินีวัยเยาว์ ด้วยการช่วงชิงคฑาวิเศษที่ใช้ควบคุมมังกรทองไว้ เพื่อขัดขวางแผนร้ายของ Proofing เมจสาวผู้กำลังเรียนรู้เวทย์มนต์ จึงต้องเร่งหาคฑาสีแดงอันเป็นกุญแจสำคัญในการควบคุมมังกรแดง การต่อสู้และฟันฝ่าอุปสรรคจึงเริ่มขึ้น