สึ งามิ โชอิจิ หรือ มาสค์ไรเดอร์อากิโตะ ได้พบกับสาวน้อยชื่อซายากะ ผู้หนีมาจากสถาบันวิจัยของกองทัพที่ถูกโจม­ตีโดยเหล่าอันโนว์ โดยที่ไม่ได้รู้เลยว่าซายากะคนนี้นั้นคือเ­หนึ่งในผู้ที่มีพลังจิต ซึ่งทางกองทัพใช้ในการทดลองสร้างระบบชุดเก­ราะใหม่ที่เรียกว่า G4 ซิสเต็ม ทำให้อากิโตะ กิลส์ และ.G3 จึงต้องร่วมมือกันต่อสู้เพื่อปกป้องเหล่าผ­ู้มีพลังจิต