นายพิชิต ชื่นบาน รัฐมนตรีประจำสำนักนายกฯ และกำกับดูแลสำนักพุทธฯ เปิดเผยในการแถลงข่าว ณ ทำเนียบรัฐบาล วันที่ 17 พฤษภาคม ว่า สำนักพุทธฯ ไม่ได้มีเจตนาใส่ร้ายผู้ที่เกี่ยวข้อง แต่เมื่อเกิดเหตุการณ์เช่นนี้ จึงต้องออกมาไขความกระจ่างในฐานะองค์กรที่ปกป้องพระพุทธศาสนา เพื่อไม่ให้มีการบิดเบือนคำสอน ส่วนการล่วงละเมิดกฎหมายบ้านเมืองเป็นอีกประเด็นหนึ่งที่ต้องพิจารณาความเสียหาย นายพิชิตระบุว่า หากมีการฟ้องร้องก็ไม่สามารถห้ามได้ แต่ต้องไปพิสูจน์ความจริงในกระบวนการยุติธรรม
ด้านผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ กล่าวว่า สำนักพุทธฯ ได้ติดตามสถานการณ์มาตั้งแต่ต้น และได้ตั้งคณะทำงานขึ้นเพื่อตรวจสอบข้อมูลเกี่ยวกับการกระทำที่อาจเป็นภัยต่อพระพุทธศาสนา แม้จะไม่มีอำนาจในการห้ามหรือระงับการเผยแพร่คำสอนที่คลาดเคลื่อนจากพระไตรปิฎกโดยตรง แต่ก็ได้ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องและดำเนินการตามกระบวนการทางกฎหมาย ทั้งนี้สำนักพุทธไม่มีอำนาจเรียกตัวเด็กหรือผู้ปกครองมาพูดคุย แต่หากเป็นพระภิกษุก็จะแจ้งเจ้าคณะผู้ปกครองให้ดำเนินการตามอำนาจ
นายบุญเชิด กิตติธรางกูร ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัดนครปฐม เผยว่า จากการตรวจสอบข้อมูลพบว่า “การเชื่อมจิต” ไม่มีปรากฏในคัมภีร์หลักของพระพุทธศาสนาคือ “พระไตรปิฎก” อีกทั้งยังขัดต่อหลักธรรมคุณ 6 ประการที่พระพุทธเจ้าทรงสอนให้ศึกษาปฏิบัติด้วยตนเอง ไม่ใช่เชื่อตามคำบอกของผู้อื่น ส่วนเรื่องที่อ้างว่าได้รับบัญชาจากพระพุทธเจ้าให้ฟื้นฟูศาสนานั้น ไม่สอดคล้องกับแก่นธรรมของพุทธศาสนาที่เป็นศาสนาแห่งความจริง ความรู้ อิสระ และสันติภาพ
นอกจากนี้ กรณีที่มีการอ้างว่าเชื่อมจิตได้และเป็นบุตรของพระพุทธเจ้า นายบุญเชิดยืนยันว่า ไม่ปรากฏเรื่องนี้ในพระไตรปิฎก ซึ่งถือเป็นหลักฐานอ้างอิงสูงสุดของพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาทในประเทศไทย ดังนั้นเรื่องดังกล่าวจึงไม่เป็นความจริงตามคำสอนของพระพุทธเจ้า แม้ในพุทธศาสนาฝ่ายมหายานอาจมีความเชื่อในลักษณะนี้ก็ตาม